Το «τριφύλλι» έκλεισε τη χρονιά στην δεύτερη θέση, παρά την ήττα από τον Ολυμπιακό στο φινάλε, όμως εξασφάλισε το εισιτήριο για τα προκριματικά του Champions League.
Η σεζόν 2024–2025 ολοκληρώθηκε για τον Παναθηναϊκό με ήττα 1-0 από τον Ολυμπιακό στο ΟΑΚΑ, όμως η συνολική πορεία στα Play Off του εξασφάλισε τη 2η θέση στην τελική βαθμολογία της Super League. Το σύνολο του Ρουί Βιτόρια, παρά τις μεταπτώσεις και τις δυσκολίες, κατάφερε να παραμείνει στα υψηλά στρώματα του πίνακα και να κερδίσει την ευρωπαϊκή πρόκληση του 2ου προκριματικού γύρου του Champions League 2025–2026.
Ο Παναθηναϊκός συγκέντρωσε 59 βαθμούς, υπερτερώντας του ΠΑΟΚ των 58 βαθμών. Πίσω του έμεινε και η ΑΕΚ. Αν και δεν κατάφερε να κατακτήσει το πρωτάθλημα, η δεύτερη θέση προσφέρει προοπτική, ευρωπαϊκή συνέχεια και ένα σταθερό θεμέλιο για τη νέα χρονιά.
Αναλυτικά η βαθμολογία: